Une première ébauche de NeoFrag a été développée par Michaël Bilcot et Jérémy Valentin en 2011 sur la base du framework CodeIgniter. Cette version n'a pas été aboutie, et n'a jamais été diffusée publiquement. C'est en 2012 que le duo décide de reprendre le projet de zéro, le but est de garantir la maîtrise du cœur, pour gagner en performances, en sécurité et en simplicité. D'ailleurs, on retrouve beaucoup de similitudes entre CodeIgniter et NeoFrag. C'est le 30 mai 2015 que la première version de NeoFrag est sortie.